La Villa de Nuestra Señora de Luján fue creada el 17 de octubre de 1755 por Auto del Gobernador y Capitán General de la Provincia del Río de la Plata, José Andonaegui, en respuesta a la petición de los vecinos y pobladores del Santuario de Nuestra Señora de Luján.
Dicho auto consignaba los términos de la jurisdicción asignada -desde el Río de las Conchas hasta el Río Areco, por el norte el Río de la Plata y por el sur todas las campañas que corresponden hasta la frontera con los indios- y su gobierno -Cabildo y Regimiento integrado por un alcalde ordinario, tres regidores y un alguacil mayor y el mayordomo-.
El rey Fernando VI, por Cédula Real del 30 de mayo de 1759, aprobó y confirmó la erección de la Villa de Nuestra Señora de Luján.
El 7 de enero de 1756 los primeros cabildantes tomaron posesión de los cargos y se constituyó el Cabildo de la Villa de Luján.
El territorio de la Villa de Luján abarcaba las localidades de Exaltación de la Cruz, Pilar, Navarro, Guardia de Luján (hoy Mercedes), San Carlos (hoy Carmen de Areco), San Andrés de Giles y General Rodríguez. Cada población era administrada por un Alcalde de Hermandad que dependía del Cabildo.
La extensión de la Villa de Luján fue modificándose a medida que los pueblos que la componían se fueron independizando de su autoridad. Este desmembramiento comenzó en 1784 con Exaltación de la Cruz y culminó en 1878 con General Rodríguez.
Al crearse el Virreinato del Río de la Plata, en 1776, la Villa de Luján pasó a formar parte de la Intendencia de Buenos Aires.
El 24 de diciembre de 1821, a propuesta del ministro de Gobierno Bernardino Rivadavia, la Sala de Representantes de Buenos Aires dictó una ley por la cual se suprimían los cabildos de su jurisdicción: el de la ciudad de Buenos Aires y el de la Villa de Luján y hasta que la representación creyera oportuno establecer la ley general de Municipalidades y se organizaba la nueva administración de justicia y de la policía.
La supresión de los ayuntamientos determinó la redistribución de sus funciones - hacienda, guerra, policía y justicia- en el marco de un reordenamiento político. A tal efecto se crearon los ministerios de Gobierno, de Hacienda y de Guerra. La administración de la justicia se organizó en un régimen mixto: justicia de primera instancia, letrada y rentada, y justicia de paz, legal y gratuita. La primera era desempeñada por cinco jueces, dos en la capital y tres en la campaña y la segunda, a cargo de los jueces de paz, uno en cada parroquia de la ciudad y en los respectivos partidos de campaña.
La Villa de Luján fue sede del segundo departamento de Justicia Ordinaria rural, que tuvo escasa duración, y también del Juzgado de Paz.
En 1854 fue sancionada, en Buenos Aires, la primera ley orgánica de municipalidades que establecía la constitución de estas instituciones en las comunas rurales presididas por el juez de paz. La Municipalidad del Partido de la Villa de Luján se instaló el 26 de enero de 1856.
En la Constitución de Buenos Aires de 1873 se ordenó el territorio provincial en distritos gobernados por municipalidades. El distrito municipal de Luján se conformó con el consejo central, en la cabecera del partido, y 10 concejos parroquiales. También dispuso un nuevo régimen para la administración a cargo de la Corporación Municipal presidida por el Juez de Paz
La Ley Orgánica de las Municipalidades de 1886 organizó el gobierno de las municipalidades en tres ramas: la deliberativa o Concejo, la ejecutiva o Intendencia y la judicial o Juzgado de Paz.
El 3 de mayo de 1893, por decreto, el gobernador de la provincia de Buenos Aires, D. Julio Costas, declaró ciudad al pueblo de Luján.